Das Europäische Patentamt wird verwaltungsmäßig in Generaldirektionen untergliedert, denen die in Artikel 15 Buchstaben a bis e genannten Organe [→ Organe im Verfahren], die für Rechtsfragen und die für die innere Verwaltung des Amts geschaffenen Dienststellen zugeordnet werden.

Jede Generaldirektion wird von einem Vizepräsidenten geleitet. Der Verwaltungsrat entscheidet nach Anhörung des Präsidenten des Europäischen Patentamts über die Zuweisung eines Vizepräsidenten an eine Generaldirektion.